پناه بردن به دانشمندان ایرانی، از روی نیاز بود و نه از روی باور. به همین دلیل، خلفای اسلامی تا آن‌جا با رشد علوم و معارف هماهنگی نشان می‌دادند که با منافع اقتصادی و قدرت سیاسی آن‌ها در چالش نباشد. به دلیل گستردگی سرزمین‌های اشغال شده توسط مسلمین، اداره امور این سرزمین‌ها به صورت متمرکز غیر ممکن بود، در نتیجه در مناطق مختلف امپراتوری بزرگ اسلامی، امیران محلی با نوعی استقلال نسبی به وجود آمدند که تابع خلیفه بغداد بودند و البته گاهی نیز از اطاعت خلیفه سر باز می‌زدند. در ایران نیز امیران متعددی از این دست، در این دوران حکومت کرده‌اند.

دلیل رشد علوم در دوران خلافت اسلامی، انباشت ثروت حاصل از فتح سرزمین‌های وسیع در جذب تمدن ایران و یونان بود. ولی مهم‌تر از آن، پیوندی بود که متفکران ایرانی با تمدن و تفکر فلسفی یونان پیدا کرده بودند. چنین رابطه‌ای از راه ترجمه متون و در زمان اشکانیان با ورود یونانیان به ایران به وجود آمد و در زمان انوشیروان با تاسیس مدرسه جندی شاپور امکان مراوده فکری مستقیم میان دو تمدن یونان و ایران بیشتر فراهم گردید.

در این ماجرا، بغداد مرکز خلافت اسلامی به مرکز علم و یکی از پرجمعیت‌ترین شهرهای دنیا بدل شد. آنچه که به نادرستی تمدن اسلامی نامیده می‌شود، در حقیقت تمدن ایران بعد از اسلام است. اساسا تمدن متعلق به ملت‌هاست و پسوند دینی ندارد. مگر تمدنی مسیحی و یا یهودی وجود داشته که بتوان تمدن را اسلامی دانست؟

نهضت‌های عقل‌گرا پس از پیدایش اسلام چگونه به وجود آمد؟
نهضت‌های عقل‌گرا از قبیل معتزله و مانند این‌ها پس از پیدایش اسلام در ایران شکل گرفتند. بررسی ویژگی‌های این نهضت‌ها می‌تواند حدود و ثغور روند تکاملی آن‌ها را در صورتی که سرکوب نمی‌شدند، نشان دهد. این نهضت‌ها شامل معتزله، اسماعیلیان، اخوان‌الصفا، خلان‌الوفا، شیعه، خوارج و نحله‌های فلسفی در سده دوم تا چهارم هجری است که هیچیک دوام نیاوردند. دلایل پیدایش این جنبش‌های فکری عقل‌گرا را باید در پیوندی دید که اسلام میان تمدن ایرانی با سایر اقوام و جوامع به وجود آورد و باعث شد که ایرانی‌ها از منابع دیگری چون اسکندریه و قسطنطنیه نیز بهره‌مند شوند. بنابراین علاوه بر منابع هندی و مانوی فلسفه عقلانی یونان نیز به آن‌ها اضافه شد.

ایرانیان حتی واژه فلسفه را از یونانیان گرفتند، به طوری که در ایران نیز فیلسوف به کسی گفته می‌شد که با آثار و روش افلاطون و ارسطو آشنایی داشت. این روش و اثر، پیش از پیدایش اسلام میان حکمای عیسوی در ایران متداول بود. بنابراین‌‌، بخشی از فلسفه یونانی را معلمان مسیحی به فیلسوفان و متکلمان اسلامی و ایرانی منتقل کردند که کم‌کم ویژگی‌های خود را یافت. این‌ نکته‌ای مهم است که افکار مسیحیان مشرق‌زمین در میان حکمای اسلامی و معتزله و بعضی از فرق  ادامه یافت و در پاره‌ای موارد با اصول دینی اسلام نزدیک شد.

تفاوت‌هایی درباره دین دولتی و دولت دینی
 در بخشی از کتاب به تفاوت‌های دین دولتی و دولت دینی اشاره شده و آمده است: «در ایران قبل از صفویه هیچ مذهبی از مذاهب اسلام، مذهب رسمی کشور نبود. همه فرق اسلامی یعنی مذهب شیعه و همه مذاهب اهل تسنن شامل حنفی، شافعی، مالکی و حنبلی در ایران رواج داشت. با روی کار آمدن دولت صفوی، تشیع به عنوان مذهب رسمی کشور اعلام شد.

تولیدات فکری، حاصل یک فرایند وقت‌گیر و طولانی است. دست‌آوردهای علمی در حوزه‌های مختلف، از قبیل ریاضی، فیزیک، شیمی، مکانیک، پزشکی و مانند این‌ها حتی در موضوع خاص و با نامی واحد، کار یک دانشمند در یک زمان واحد نیست، بلکه بارها دیده شده که همان موضوع با همان نام، توسط دانشمند در یک زمان واحد نیست، بلکه بارها دیده شده که همان موضوع با همان نام، توسط دانشمند بعدی تکمیل شده است.

پس از صدور فرمان خشونت‌آمیز شاه اسماعیل صفوی، عملا نوعی کتاب‌سوزی آشکار و پنهان آغاز شد و نسل همزمان با شاه اسماعیل و نسل‌های بعدی، هیچ انگیزه و تمایلی به تحقیق و مطالعه در آثار دانشمندان نسل‌های قبل خود را نداشتند، زیرا جنگ مذهبی اعلام شده، همه را به این باور نادرست کشانده بود که دانشمندان نسل‌های قبلی، چون برای ابوبکر، عمر و عثمان ارزش و احترام قائل بوده‌اند، پس تحقیق در آثار آنان نوعی دنباله‌روی و تقلید از ایشان محسوب می‌شود که می‌تواند به معنی خروج از تشیع ناب تعبیر و تفسیر شود. اسناد تاریخی نشان می‌دهد که در دوره صفوی، فعالیت‌های فکری در حوزه علوم بسیار ناچیز و در حوزه حکمت و عرفان، به شیخ بهایی، میرداماد و ملاصدرا شیرازی ختم می‌شود و بعد از آن، عقب‌افتادگی ایران از کاروان علم آغاز می‌گردد.

کتاب «فقر تفکر فلسفی و (الزامات تمدن و توسعه در ایران)» نوشته رضا صدوقی در 760 صفحه از سوی نشر کویر به بهای 150 هزار تومان منتشر شده است.