معین در این گفت‌وگو می‌گوید که «متأسفانه بسیاری از مشکلات ما یا آسیب‌هایی که به جامعه در جنبه‌های مختلف وارد شده است ـ چه علم، چه فرهنگ، چه مسائل اخلاقی و سیاسی ـ یا به دلیل برداشت‌های نادرست و سطحی از دین بوده است چون فرهنگ ملی ما دینی است، یا سوءاستفاده از آن بوده است؛ یعنی دین ابزاری شده است برای قدرت و سیاست. در دانشگاه هم ببینید، مثلاً وقتی که رهبری می‌گویند دانشگاه اسلامی، یعنی اینکه دانشگاه در خدمت جامعه باشد، از فرهنگش بگیرید تا اقتصادش، تا سیاستش و اخلاقیاتش. خب این قبول؛ منتها آنکه عمل شده یا مرتب تکرار شده، شعارهای بسیار سطحی بوده است که خیلی جاها از آن به‌عنوان یک ابزار سیاسی و فکر تحمیلی استفاده شده است.»
به اعتقاد معین، «دانشگاهی اسلامی است که از بالاترین سطح علمی و از بالاترین سطح احساس مسئولیت در قبال جامعه برخوردار باشد. طبیعی است به چنین دانشگاهی که هم استقلال دارد، هم آزادی علمی به رسمیت شناخته شده است، اعتماد می‌شود و آن را یک فرصت تلقی می‌کنند و نه تهدید. طبیعی است که این دانشگاه همان دانشگاه مطلوبی است که از نظر دین ما و از نظر خرد جهانی مطرح می‌شود. هیچ کاری در دانشگاه با بخشنامه و با زور و ارعاب انجام نمی‌شود. حتی اگر هدف درستی هم داشته باشیم از بالا به پایین نمی‌شود! در یک فضای امن و یک فضای آزاد و علمی طبیعی است که این مسائل مورد بحث قرار می‌گیرد و بهترین الگو انتخاب می‌شود. خودِ کسانی که داد سخن می‌دهند برای اسلامی‌شدن و اسلامی‌کردن، چه الگویی ارائه می‌کنند؟»
او می‌افزاید: « ما در سال ۱۳۸۰، «بیانیه ۸۰» را بیرون دادیم که در واقع بیانیه اجلاس رؤسای دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی کشور در دانشگاه صنعتی شریف بود. آنجا موضوع توسعه علمی مورد بحث بود و در نهایت آن بیانیه داده شد. فکر می‌کنید سه محور اصلی‌اش چه بود؟ یکی توسعه علم و فناوری در خدمت فرهنگ. این یک محور بود و در ادامه تقسیم شده بود به راهبردها و راهکارهای تحقق آن. محور دوم با شعار «توسعه علم و فناوری شرط بقا» آمده بود. در این دنیای در حال تغییر و به‌سرعت در حال تحول از نظر علم و تکنولوژی، اگر توسعه علم و فناوری نداشته باشیم آینده‌ای هم نخواهیم داشت که امروزه شما دارید آثارش را می‌بینید. محور سومی هم داشت که اگر اشتباه نکنم علم و فناوری در خدمت صلح و توسعه و تضمین امنیت ملی بود. این نگاه و انتظار از دانشگاهی است که از نظر من هم علمی است و هم اسلامی. دانشگاهی است که در خدمت جامعه قرار دارد. دانشگاهی است که خودش را از خِرد جهانی محروم نمی‌کند. دانشگاهی است که روزآمد است، پویاست، متحول است. این نگاه ماست؛ ولی چیزی که شده بیشتر به ظواهر امر توجه شده و از قِبل این موضوع، عناصر غیر‌دانشگاهی، بیشترین دخالت را در کار دانشگاه کرده‌اند، استقلالش را زیر پا گذاشته و به‌عنوان تهدید تلاش کرده‌اند تا کاملاً دانشگاه را در مشت خود بگیرند.»
معین در فراز دیگری از این گفت‌وگو در پاسخ به این سوال که بالاخره آیا واقعاً ما نتوانستیم با علم به جایی برسیم یا نتوانستیم مشارکت جهانی داشته باشیم؟ و از سوی دیگر آیا موافقید که نهاد دانشگاهی به بن‌بست رسیده است یا خیر؟ بیان می‌کند: «من قبلاً به دو ـ سه عامل بازدارنده توسعه علم و فناوری در ایران اشاره کردم. مسائل، نسبی است. ما که نمی‌توانیم دانشگاه را جزیره‌ای آباد در میان یک مرداب فراگیر بزرگ در نظر بگیریم. بالاخره دانشگاه هم از همین جامعه برخاسته است و تحت تأثیر و در تعامل با همین جامعه است. اگر بخواهیم به‌طور نسبی نگاه کنیم، معتقدم پتانسیل دانشگاهی ما و شاخص‌های کشور در زمینه آموزش و توسعه انسانی از سایر شاخص‌ها به‌مراتب بالاتر است. در آمار جهانی از نظر حکومت‌داری، توسعه اقتصادی، سرمایه اجتماعی و ضریب امنیت، شاخص همه این‌ها را وقتی در رتبه‌های جهانی بررسی کنید، باز حداقل رتبه ما از نظر توسعه انسانی بالاتر و در حدود 75-70 است. سایر شاخص‌ها بالای صد است. حال اگر گفته می‌شود علم در ایران و در دانشگاه موضوعیتی نداشته است، باید ببینیم چرا موضوعیت نداشته است. به دلایلی که پیش‌تر گفتم، مدیریت کلان کشور در مقام عمل، بهای لازم را به علم و عالم نداده و نوع نگاه نسبت به دانشگاه هم نگاه درستی نبوده است.»
مولف کتاب «توسعه و سیاست آموزش‌عالی» تاکید می‌کند که دانشگاه جایگاهی در این نظام برنامه‌ریزی عقب‌افتاده ندارد. درست است که دانش‌آموختگان دانشگاهی در سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی یا در دستگاه‌های اجرایی هستند، ولی فرق می‌کند که مدیریت کشور علمی باشد یا نباشد.
به گفته او، «دانشگاه جایگاه علم است. همان قدر که علم یک جایگاه رفیع در همه جوامع بشری داشته و دارد و یک میراث مشترک جهانی است، دانشگاه هم محل تمرکز دانشمندان و دانش‌پژوهان است و چنین جایگاهی دارد. پس پتانسیل آن خیلی بالاست. اگر این پتانسیل به فعلیت درنیامده، باید ببینیم علت آن چه بوده است؟ چه مشکلی داشته است؟ مشکل اصلی به نظر من همان نوع نگاه مسئولان و ناآگاه‌بودن از شرایط زمان و جامعه است. به‌رسمیت‌نشناختن جایگاه علم و دانشگاه و اولویت‌دادن به آن در سیاست‌های توسعه و نیز دخالت‌دادن سیاست در کار علم و دانشگاه، نتیجۀ چنین رویکردی است. دانشگاهی که مستقل نباشد، دیگر دانشگاه نیست. دانشگاهی که فاقد امنیت فکری و آزادی‌های علمی در پژوهش و آموزش باشد، دیگر دانشگاه نیست.»
معین معتقد است، «با وجود این در بعضی از جنبه‌ها دانشگاه درخشیده است؛ به‌ویژه در جنگ و در دوره اول دولت سازندگی دانشگاه درخشید. افزایش سریع تولید علمی ایران بیشتر به دلیل اولویت برنامه‌ای وزارت بود تا کل کشور، و بیشتر از همان بضاعت محدود آموزش‌عالی بهره‌گیری شد تا اینکه با یک عزم و برنامه ملی برای تحقق آن سرمایه‌گذاری شده باشد. این نیست که برای تجهیز و تقویت دانشگاه‌ها مانند عربستان سعودی، یک میلیارد دلار تخصیص داده شود، بلکه با همان چند ده میلیون دلاری که در کل دانشگاه‌ها تزریق می‌شد، طی برنامه‌ای مقرر شد نویسندگان مقاله‌های ISI، تشویق شوند، هم مادی و هم از نظر ارتقای مرتبه علمی و در سال‌های بعد به تعبیر مجله علم (Science) رشد موشک‌وار تولید مقاله‌های علمی ایران اتفاق می‌افتد. این پدیده حاکی از پتانسیل و ظرفیت بالای دانشگاهی ماست. حال اگر شما می‌آمدید با نگاهی جامع به دانشگاه به‌عنوان نهادی خودی و نه ناخودی یا نخودی نگاه می‌کردید، اگر علم را سیاسی نمی‌کردید، اگر علم را نمی‌خواستید ایدئولوژیک کنید، حالا چه ریاضی باشد و چه فیزیک و شیمی و چه به‌خصوص علوم انسانی، دانشگاه مشغول کار خود بود و می‌توانست با کارایی و اثربخشی بیشتر به کمک جامعه و کشور خود بیاید. نمی‌گویم که حتماً سوءنیتی در کار بوده، همان دو عامل اصلیِ به‌روز‌نبودن سیاست‌گذاران به لحاظ شرایط جهانی و جامعه جدید و نوع نگرش سطحی و سوء‌برداشت و یا سوءاستفاده از دین برای توجیه مسائل و عملکردها برای ایجاد نارسایی‌ها کافی است. همان‌طور که گفتم نهاد علم را در برابر نهاد دین قرار می‌دهند، و نه اینکه هر دو در یک جهت و در خدمت رشد انسان باشند.»
کتاب «توسعه و سیاست آموزش‌عالی» نوشته مصطفی معین با شمارگان هزار نسخه در 604 صفحه به بهای 43 هزار تومان از سوی انتشارات پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی منتشر شده است.
نظر شما