سیدمحمد حسینی شاهرودی درس‌های مقدمات حوزه را نزد پدرش، شیخ علی شهربابکی و شیخ شمس نجفی فرا گرفت. او رسائل و مکاسب را نزد پدرش و کفایه الاصول را نزد میرزا‌هاشم آملی و شیخ عبدالحسین رشتی شاگردی کرد. از سال 1360 هجری قمری در درس خارج پدرش حاضر شد و تقریرات درس او را یادداشت می‌کرد. همچنین از اعضای مجلس استفتاء پدرش به شمار می‌رفت.
سیدمحمد شاهرودی در سال 1375 قمری از پدرش و سید جمال‌الدین گلپایگانی اجازه اجتهاد دریافت کرد و از سال 1383 قمری، تدریس درس خارج را در مسجد هندی نجف آغاز کرد. پدرش از سال 1388 قمری، مقلدان خود را در احتیاطات مسائل شرعی به وی ارجاع می‌داد، و در سال 1398 قمری، رساله عملیه‌اش به زبان عربی و فارسی در نجف چاپ شد.
در پى اخراج آیت‌الله حسینی شاهرودی توسط رژیم بعث عراق از نجف اشرف و بازگشت او به جمهورى اسلامى ایران در سال 1359 شمسی، وی در شهر مقدس قم رحل اقامت افکند و به تدریس فقه و اصول و تربیت و تهذیب شاگردان پرداخت و منشأ خیرات و برکات و خدمات کثیره و حل مشکلات شرعى و اجتماعى بود.
به مناسبت درگذشت این مرجع تقلید، خبرگزاری کتاب ایران (ایبنا) در گزارشی، به کتابشناسیِ مهم‌ترین آثار منتشر شده وی پرداخته است که در زیر از نظر مخاطبان می‌گذرد:
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 204 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 4 سال 1393، 1000 نسخه
الوجیز فی الحدود: من بحوث ادلی بها سماحه آیه‌الله العظمی السید محمد الحسینی الشاهرودی (دام ظله العالی)
گردآورنده: محمدکاظم حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 320 صفحه، وزیری (گالینگور)، چاپ 1 سال 1393، 1000 نسخه، 50000 ریال
پاسخ به پرسشهای اعتقادی
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی؛ مترجم: ابراهیم بابایی، آل المرتضی (ع)، 168 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 6 سال 1392، 3000 نسخه
درسهایی ویژه بانوان
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 40 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 14 سال 1392، 10000 نسخه، 500 ریال
رساله توضیح المسائل مطابق فتوای حضرت آیه‌الله العظمی حاج سیدمحمد حسینی شاهرودی
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 552 صفحه، وزیری (شومیز)، چاپ 16 سال 1392، 3000 نسخه
اجوبه المسائل الاعتقادیه
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 132 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 4 سال 1392، 5000 نسخه
گزیده‌ای از احکام روزه
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 56 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 9 سال 1392، 5000 نسخه
مسائل المغتربین
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 114 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 3 سال 1391، 3000 نسخه
استفتائات حضرت آیه‌الله العظمی آقای حاج سیدمحمد حسینی شاهرودی دام ظله
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 484 صفحه، وزیری (شومیز)، چاپ 2 سال 1389، 1500 نسخه
آیین زندگی: گزیده‌ای از مطالب اعتقادی، اخلاقی، معارف عمومی و .... مورد نیاز جوانان: به ضمیمه گزیده‌ای از احکام مورد نیاز جوانان
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، هزاره ققنوس، 160 صفحه، وزیری (سلفون خارجی)، چاپ 1 سال 1386، 2000 نسخه، 20000 ریال
الدروس المختصه بالنساء
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، موسسه آل المرتضی(ع)، 32 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 3 سال 1385، 10000 نسخه
اداره منزل
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، سازمان تحقیقات خودکفائی بسیج، 48 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 2 سال 1379، 5000 نسخه، 1750 ریال
تربیت فرزند
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، سازمان تحقیقات خودکفائی بسیج، 64 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 2 سال 1379، 5000 نسخه، 2000 ریال
چهل چشمه کوثر
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، سازمان تحقیقات خودکفایی نیروی مقاومت بسیج، 48 صفحه، جیبی (شومیز)، چاپ 2 سال 1378، 10000 نسخه، 900 ریال
مختصر الاحکام
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی؛ مترجم: سیدعلی رضوی، آل المرتضی (ع)، 167 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 1 سال 1378، 1000 نسخه
فاطمه "س" حامی ولایت
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، شجره طوبی فاطمه زهرا (س)، 120 صفحه، رقعی (شومیز)، چاپ 1 سال 1377، 3000 نسخه، 3000 ریال
توضیح مناسک الحج و یلحقه اعمال المدینه المنوره
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 336 صفحه، جیبی (شومیز)، چاپ 2 سال 1376، 5000 نسخه، 3500 ریال
رساله ذخیره المومنین لیوم‌الدین
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، آل المرتضی (ع)، 544 صفحه، وزیری (شومیز)، چاپ 3 سال 1376، 5000 نسخه
زندگی امام جواد (ع)
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، فیض کاشانی، 224 صفحه، وزیری (شومیز)، چاپ 1 سال 1375، 6100 نسخه، 500 ریال
رساله شریفه توضیح المناسک یا دستور حج
نويسنده: محمد حسینی‌شاهرودی، بیت آیت‌الله العظمی الشاهرودی، 103 صفحه، جیبی (شومیز)، سال 1372، 4000 نسخه، 500 ریال
نظر شما