به گزارش خبرگزاری کتاب ایران(ایبنا)، در جایگاه ریاست‌جمهوری، خطا و لغزش کم نداشت و خودش عملاً بخشی از مشکل شده بود. نگاهش به مسائل کشور عجیب بود و تدابیری که در مواجهه با این مسائل به کار می‌بست عجیب‌تر. زمانی به ریاست‌جمهوری رسید و دولت را به دست گرفت که بیماری قلبی امام خمینی(ره) تشدید شده بود و به روایت کتاب «طبیب دل‌ها» نوشته حسن عارفی این صحبت در برخی محافل به میان آمده بود که ایشان حداکثر تا شش دیگر بیشتر زنده نیستند. حتی گویا پرونده پزشکی امام(ره) را محرمانه به اروپا بردند تا نظر چند پزشک اروپایی را نیز بدانند، اما خبر این کار به رسانه‌ها راه یافت و به شایعات و نگرانی‌ها دامن زد. بنی‌صدر هم با همان نگاه خاص خودش به ایران بعد از امام(ره) می‌اندیشید و به تعبیری «برای اینکه نیرو و تشکیلات داشته باشد» به سازمان مجاهدین خلق (منافقین) نزدیک شد.
 
در کتاب «نبردهای شرق کارون به روایت فرماندهان» می‌خوانیم که هرچه به پایان سال ۱۳۵۹نزدیک‌تر می‌شدیم، ارتباط میان بنی‌صدر و رجوی تنگاتنگ‌تر می‌شد. دشمن بخشی از خاک ما را در اشغال خود داشت و آبادان را در محاصره گرفته بود، اما او که فرماندهی کل قوا را نیز به دست داشت به جای تمرکز روی این خطر بزرگ، جز به آینده سیاسی خود بعد از امام خمینی(ره) فکر نمی‌کرد و حتی به فرماندهان نظامی فرصت ملاقات و صحبت نمی‌داد، اما رجوی تقریباً هر وقت که دلش می‌خواست با او دیدار و گفت‌وگو می‌کرد. این روش و رویه‌اش، صدای برخی دلسوزان کشور را درآورد و اعتراض گروهی از فرماندهان نظامی را به دنبال داشت. اما بنی‌صدر در پاسخ به این اعتراض، آنچه را که در سر داشت به صراحت بیان کرد: «آلمانی‌ها گفته‌اند اخبار پزشکی امام مشخص می‌کند ایشان سه ماه دیگر بیشتر زنده نیست. اگر امام برود، روحانیت دسته‌دسته می‌شود و تنها سازمان مجاهدین که تشکیلات دارد می‌تواند قدرت را به دست بگیرد. من باید هوای این گروه‌ها را داشته باشم.»
 
فرماندهی که باعث اخلال در کار جنگ شده بود
در همان مقطع گروهی به نمایندگی از سازمان کنفرانس اسلامی به ایران آمدند و چنان که ادعا می‌کردند هدف‌شان پایان دادن به جنگ میان دو کشور اسلامی بود. البته نیت‌شان این بود که ایران را به پذیرش آتش‌بس ترغیب کنند و بدون اذعان به متجاوز بودن عراق و بدون اعلام اینکه کدام طرف جنگ را شروع کرده و با نادیده گرفتن پاسخ این پرسش که «کدام طرف بخشی از خاک دیگری را در اشغال خود دارد؟» دولت ما را پای میز مذاکره برای ختم جنگ بنشانند. پاسخ ما این بود که تا خروج کامل همه نیروهای متجاوز و تخلیه مناطق اشغالی، صحبت از آتش‌بس و مذاکره بی‌معناست. اما بنی‌صدر با همان تحلیل‌های خاص خودش نسبت به آینده، بدش نمی‌آمد که جنگ را هرچه زودتر تمام کند و اگر شرایط برای ختم فوری جنگ مهیا نشد، به بهانه طولانی‌ شدن درگیری‌ها، اختیارات بیشتری برای مدیریت جنگ و اداره کشور به دست بیاورد.
 
به روایت کتاب «جنگ؛ بازیابی ثبات» که کاری از محمد درودیان است، بنی‌صدر در نامه‌ای به حضرت امام خمینی (ره) نوشت: «این جنگ قرار بود چند روز بیشتر طول نکشد. جنگ‌های زرهی امروزه چند روز بیشتر طول نمی‌کشند. هند و پاکستان جنگ کردند، چهار روزه تکلیف معلوم شد. اعراب و اسرائیل جنگ‌شان بین شش تا ده روز بود. این جنگ طولانی‌ترین جنگ زرهی بعد از جنگ جهانی دوم است... ادامه جنگ در شرایط فعلی وضعیت را بدتر خواهد کرد. من مأیوس نیستم و می‌جنگم، اما جنگ در شرایط فعلی دردی را دوا نمی‌کند. گفت‌وگو با نظامیان این‌طور به نظرم می‌رساند که اگر قرار باشد جنگ را ادامه بدهیم و قرار باشد اینجانب باز مسئولیت جنگ را به دوش بکشم، در کار نظامی دخالت نشود و از هیچ راه فشار نیاورند، بلکه به‌تدریج دشمن را ضعیف کنیم. بنابراین یا باید به جنگ خاتمه داد یا اگر بخواهیم به جنگ ادامه بدهیم باید طول زمان را بپذیریم و راهی به بازارهای اسلحه و مهمات باز کنیم.»
   
بعدها برخی‌ها گفتند که بنی‌صدر خائن نبود، قصد شرارت نداشت و لغزش‌های به تحلیل‌های اشتباه و آینده‌نگری نادرستش برمی‌گشت. به فرض درستی این سخن، باز این واقعیت به قوت خود باقی می‌ماند که او در جایگاه ریاست‌جمهوری و در مقام فرماندهی کل قوا در کار جنگ اخلال ایجاد کرده و دست فرماندهان نظامی را برای مواجهه قاطعانه با دشمن بسته بود. طرح‌هایش نیز عجیب و پرهزینه بودند و او معمولاً عواقب بعدی آن‌ها را در نظر نمی‌گرفت.
 
در کتاب «چمران مظلوم بود» از قول یکی از همرزمان شهید چمران می‌خوانیم: ملک‌زاده که مشاور نظامی بنی‌صدر بود، به بنی‌صدر گفته بود که «باید عراقی‌ها را با بمب ناپالم بزنیم.» دکتر مخالفت کرد. شهید رستمی که همراه دکتر بود عصبانی شد، خطاب به ملک‌زاده گفت: «شما دانش نظامی ندارین.» بنی‌صدر جواب داد: «این آقا تیمسار و مشاور منه، اون‌وقت تو میگی دانش نظامی نداره؟!» در این لحظه دکتر گفت: «این تیمسار تو قدر یک گروهبان هم نمی‌فهمه.» راوی اضافه می‌کند: این جا بود که دکتر و بنی‌صدر رودررو باهم بحث کردند. دکتر می‌گفت: «شما فکر نمی‌کنین که ما با کمبود تجهیزاتی که نسبت به عراق داریم و کمکی که دنیا به عراق می‌کنه، اگه یه بمب ناپالم در عراق بندازیم، عراق تمام شهرهای ایران را با ناپالم تبدیل به خاکستر می‌کنه؟!»
 
تصمیم امام(ره) و عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا
خلاصه اینکه مرور حوادث و اظهارنظرهای ماه‌های پایانی سال ۱۳۵۹ و اوایل ۱۳۶۰نشان می‌دهد بنی‌صدر نه فقط در مقام ریاست‌جمهوری و فرماندهی کل قوا درست عمل نمی‌کرد، که خودش عملاً به بخشی از بحران تبدیل شده بود. اواسط بهار ۱۳۶۰نیز دوستان تازه‌اش به هدف قدرت‌نمایی و فشار به امام(ره) چند تجمع مسلحانه در تهران برگزار کردند و در این توهم که اگر خودی نشان دهند، افکار عمومی نیز با آنان همراهی می‌کند، به مطالبه سهم ادعایی‌شان از قدرت رفتند. روند سقوط و تباهی بنی‌صدر در آن روزها تکمیل شد، چه آنکه نظامیان ما برای عملیات در خوزستان آماده می‌شدند و به فکر بیرون کردن دشمن اشغال‌گر بودند و منافقین با حمایت بنی‌صدر - که فرمانده کل قوا بود - در پایتخت کشور تظاهرات مسلحانه برگزار می‌کردند.
 
امام خمینی(ره) بعد از چند بار توصیه و هشدار، سرانجام در تصمیمی ضروری، بیستم خرداد ۱۳۶۰ حکم بنی‌صدر برای فرماندهی کل قوا را باطل کرد و این مسئولیت بسیار مهم را از او گرفت. در همان کتاب «نبردهای شرق کارون به روایت فرماندهان» می‌خوانیم که عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا، روحیه نیروهای مستقر در خوزستان را بالا برد و انگیزه آنان را برای اجرای عملیات دوچندان کرد و عملیاتی را که برای اجرایش برنامه‌ریزی می‌کردند، عملیات «فرماندهی کل قوا، خمینی روح‌الله» نامیدند. عملیات کوچکی که با پیروزی ما به پایان رسید و درستی حرف‌های امام(ره) به بنی‌صدر، پیش از عزل او از فرماندهی را اثبات کرد: «این فکر را از مغزت بیرون کن که اگر تو نباشی این جنگ می‌خوابد. من خودم این جنگ را به‌خوبی اداره می‌کنم.»