حبيبي، ديپلم مدرسي خود را در سال 1339 از دبيرستان دارالفنون تهران اخذ كرد و در سال 1342 از دانشكده معقول و منقول (الهيات فعلي) فوق ديپلم گرفت. وي به ترتيب در سال 1344 مدرك كارشناسي، در سال 1348 كارشناسي ارشد و در سال 1356، دكتري خود را در رشته فلسفه و حكمت اسلامي از دانشگاه الهيات تهران اخذ كرد.
از دكتر نجفقلي حبيبي كه نزديك به 30 مسووليت اجرايي و علمي و عضويت در انجمن‌هاي معتبر علمي را در كارنامه خود دارد، تاكنون بيش از 30 رساله، مقاله و كتاب منتشر شده است.

برخي از سمت‌ها و مسووليت‌هاي اجرايي وي بعد از پيروزي انقلاب اسلامي:
- رياست دانشسراي راهنمايي تحصيلي شهر ري. ارديبهشت 1358 (حدود 6 ماه)
- سرپرستي كتابخانه مجلس شوراي اسلامي (قسمت سناي سابق بعدا با عنوان كتابخانه شماره 2)، 1359. حدود يك سال.
- معاونت دانشكده الهيات و معارف اسلامي. حدود 5 ماه
- رياست دانشگاه الزهراء. قريب به يك سال
- رياست دانشكده علوم قضايي و خدمات دادگستري (تاسيس و راه‌اندازي و اداره) قريب 6 سال
- رياست دانشكده حقوق و علوم سياسي دانشگاه تهران. (در فواصل مختلف 3 بار)
- رياست مدرسه تربيت مدرس (راه‌اندازي و اداره و توسعه) تبديل نام آن به دانشگاه تربيت مدرس. قريب به 5 سال
- رياست پژوهشكده امام خميني(ره) و انقلاب اسلامي (تاسيس و راه‌اندازي و اداره) قريب 2 سال
- رياست دانشگاه علامه طباطبايي، قريب 8 سال
- عضويت «كميته برنامه ريزي الهيات شوراي عالي برنامه‌ريزي» قريب 20 سال (اخيرا استعفا داده است)
- نماينده وزارت فرهنگ و آموزش عالي در بخش علوم انساني واحد تحقيقات و خدمات تخصصي ستاد پشتيباني جنگ دانشگاه‌ها (در ايام جنگ)
- مسوول بخش علوم انساني واحد تحقيقات و خدمات تخصصي ستاد پشتيباني جنگ دانشگاه‌ها (در ايام جنگ)
- عضويت شوراي گسترش آموزش عالي. قريب 8 سال
- عضويت «هيات امناي دانشگاه تربيت مدرس». يك دوره كه پايان يافته است.
- عضويت هيات امناي پژوهشكده امام خميني(ره) و انقلاب اسلامي كه از تاسيس تاكنون ادامه دارد.
- مديريت گروه فلسفه و حكمت اسلامي، دانشكده الهيات و معارف اسلامي، دانشگاه تهران. (2 بار و آخرين آن هنوز ادامه دارد)
- نمايندگي مجلس شوراي اسلامي از حوزه انتخابيه تهران در دوره سوم
- عضويت شوراي بازنگري قانون اساسي، به انتخاب نمايندگان محترم مجلس شوراي اسلامي با عنايت به دستور مورخ 4/2/1368 حضرت امام خميني(ره).
- سردبيري مجله مدرس (دانشگاه تربيت مدرس) كه پايان يافته است
- عضو هيات تحريريه مجله مدرس (دانشگاه تربيت مدرس) كه پايان يافته است
- عضو هيات تحريره مجله مقالات و بررسي‌ها، كه پايان يافته است.
- عضو هيات تحريريه مجله بين‌المللي علوم انساني جمهوري اسلامي ايران كه پايان يافته است.
- عضو هيات تحريريه مجله متين (پژوهشكده امام خميني(ره) و انقلاب اسلامي) كه ادامه دارد.
- عضو هيات تحريريه مجله نامه حكمت (دانشگاه امام صادق) كه ادامه دارد.
- عضو هيات تحريريه مجله «اسلام پژوهي پژوهشكده علوم انساني جهاد دانشگاهي كه ادامه دارد.
- عضو هيات تحريريه مجله «مشكوه نور» دانشگاه امام صادق واحد خواهران.
- عضو هيات مميزه و مسوول كميته تخصصي علوم انساني آن هيات كه ادامه دارد.
- دبيري همايش فلسطين 1377 در دانشگاه علامه طباطبايي.
- دبيري همايش جايگاه و نقش زن در انديشه و حكومت امام علي(ع) 1380 در دانشگاه علامه طباطبايي.
- دبيري همايش بين‌المللي مشاركت سياسي زنان در كشورهاي اسلامي 28-‌ 29 مهر 1381 در دانشگاه علامه طباطبايي.
تاليفات (عموما در حوزه تصحيح):
سه رساله از شيخ اشراق (الالواح العماديه، كلمه التصوف، اللمحات) با تصحيح و مقدمه؛ چاپ اول 1356 توسط انجمن فلسفه ايران. چاپ دوم، توسط مركز تحقيقات اسلامي، لاهور، پاكستان، 1363. اين كتاب با تجديد نظر و به خصوص افزودن قسمت منطق و طبيعيات اللمحات با عنوان مجموعه مصنفات شيخ اشراق، جلد چهارم، 1380، توسط پژوهشگاه علوم انساني و مطالعات فرهنگي منتشر شد.
شرح الأسماء أو شرح دعاء الجوشن الكبير؛ اثر حاج ملاهادي سبزواري با تصحيح و مقدمه. چاپ اول دانشگاه تهران 1372 به مناسبت سمينار بين‌المللي بزرگداشت سبزواري در دانشگاه تربيت معلم سبزوار. اين كتاب در دوازدهمين دوره كتاب سال جمهوري اسلامي ايران (1373) مورد تقدير قرار گرفت. چاپ دوم-‌ با اصلاحات-‌ دانشگاه تهران 1375 و چاپ سوم 1385.
شرح دعاء الصباح؛ اثر حاج ملاهادي سبزواري با تصحيح و مقدمه. چاپ اول دانشگاه تهران 1372 به مناسبت سمينار بين‌المللي بزرگداشت سبزواري در دانشگاه تربيت معلم سبزوار. چاپ دوم-‌ با اصلاحات-‌ دانشگاه تهران 1375، چاپ سوم، دانشگاه تهران 1386.
كتابشناسي امام حسين عليه‌السلام. چاپ اول 1374، توسط موسسه تنظيم و نشر آثار امام خميني(ره)، چاپ دوم با تجديد نظر و اضافات، 1375.
شرح توحيد الصدوق اثر قاضي سعيد قمي با تصحيح و مقدمه؛ جلد اول؛ مجموعه مصنفات القاضي سعيد القمي -‌1. چاپ اول 1373 توسط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامي.
شرح توحيد الصدوق جلد دوم؛ مجموعه مصنفات القاضي سعيد القمي-‌ 1. چاپ اول 1374 توسط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامي.
شرح توحيد الصدوق جلد سوم؛ مجموعه مصنفات القاضي سعيد القمي-‌ 1. چاپ اول 1377 توسط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامي.
شرح الأربعين اثر قاضي سعيد قمي با تصحيح و مقدمه؛ مجموعه مصنفات القاضي سعيد القمي-‌2. چاپ ميراث مكتوب 1379.
الأربعينيات لكشف القدسيات (مشتمل بر 10 رساله) اثر قاضي سعيد قمي؛ تصحيح و مقدمه توسط كتابخانه مجلس شوراي اسلامي و ميراث مكتوب، 1381.
شرح و تعليقه بر الهيات الشفاء اثر ملاصدرا؛ (دو جلد) تصحيح و مقدمه. توسط بنياد حكمت ملاصدرا، 1382 در حوزه صحيح، كتاب سال جمهوري اسلامي ايران (1384).
رسائل الشجره الالهيه في علوم الحقائق الربانيه اثر شمس‌الدين محمد شهرزوري، تصحيح و مقدمه. توسط موسسه پژوهشي حكمت و فلسفه ايران، (سه جلد) جلد يك، 1383، جلد 2، 1384 و جلد 3، 1385.
ايضاح المقاصد في حل معضلات كتاب الشواهد اثر مرحوم استاد جواد مصلح. (به اهتمام). توسط موسسه پژوهشي حكمت و فلسفه ايران، 1385.
مفاتيح الغيب اثر ملاصدرا. تصحيح و مقدمه. در دو جلد. توسط بنياد حكمت ملاصدرا 1386.
الهدايه، اثر اثير الدين ابهري، تصحيح و مقدمه (براي يادنامه بزرگداشت دكتر غلامحسين ابراهيمي ديناني زير چاپ براي 1386).
شرح التلويحات اللوحيه و العرشيه اثر ابن كمونه. در سه جلد. توسط ميراث مكتوب و دانشكده الهيات دانشگاه تهران (زير چاپ اواخر 1386 تا اوايل 1387).
التلويحات اللوحيه و العرشيه اثر شيخ اشراق (متن كامل مشتمل بر منطق، طبيعيات و الهيات) توسط موسسه حكمت و فلسفه ايران (زير چاپ براي اواخر 1386 يا اوايل 1387).
مجموعه مقالات همايش فلسطين 1377 (به كوشش). انتشارات دانشگاه علامه طباطبايي-‌ 152؛ چاپ 1379.
مجموعه مقالات همايش جايگاه و نقش زن در انديشه و حكومت امام علي(ع) 1380 (به كوشش). انتشارات دانشگاه علامه طباطبايي-‌ 160. چاپ 1380.

مقالات:
تبصره المبتدي و تذكره المنتهي اثر صدرالدين قونوي؛ تصحيح و مقدمه. چاپ شده در مجله معارف، از انتشارات مركز نشر دانشگاهي، شماره يك سال 1364. اين رساله با تجديد نظر به صورت يك اثر مستقل با عنوان «آفاق معرفت-‌ تبصره...» توسط نشر اشراق قم در 1383 منتشر شده است.
بررسي مباني تقسيمات علوم به انضمام رساله «تقاسيم العلوم» (نخستين رساله از رسايل الشجره الالهيه اثر شهرزوري) با تصحيح و مقدمه. چاپ شده در مجله مقالات و بررسي‌ها؛ شماره 57-‌58 سال 1373-‌ 1374.
حقيقه الحقائق اثر محيي الدين عربي؛ تصحيح و مقدمه. چاپ شده در گنجينه بهارستان؛ حكمت-‌1. (مجموعه 18 رساله در منطق، فلسفه، كلام و عرفان). به كوشش علي اوجبي. انتشارات كتابخانه و موزه و مركز اسناد مجلس شوراي اسلامي. تهران 1379.
حليه الأبدال اثر محيي الدين عربي؛ تصحيح و مقدمه، زير چاپ توسط كتابخانه و موزه و مركز اسناد مجلس شوراي اسلامي، در گنجينه بهارستان؛ حكمت -‌2 (زير چاپ براي 1386).

مقالات ارايه شده در كنفرانس‌ها:
كتب ضاله؛ ارايه شده در سمينار كتاب و كتابداري، 2 -‌4 خرداد 1360، دانشگاه فردوسي مشهد. چاپ شده در نشريه سمينار كتاب و كتابداري از انتشارات دانشگاه مشهد شماره 76. (متاسفانه اسم كه نام نويسنده به اشتباه «دكتر نجفقلي حسن حبيبي» نوشته شده است.)
برخورد ابن جوزي بااحياء العلوم غزالي؛ ارايه شده به سمينار غزالي در دانشگاه تهران؛ چاپ شده در روزنامه اطلاعات 14/12/1364.
مقايسه سه منظومه فلسفي: منظومه حكمت سبزواري، فيض الباري في تهذيب منظومه السبزواري، اثر شهرستاني؛ تحفه الحكيم اثر محمد حسين اصفهاني (معروف به كمپاني)؛ ارايه شده در سمينار بزرگداشت حاج ملاهادي سبزواي در دانشگاه تربيت معلم سبزوار 1372. چاپ شده در مجموعه مقالات سمينار.
آليه المشاركه الشعبيه في النظام السياسي في ايران؛ ارايه شده در سمينار «اسلام و فكر سياسي: دموكراسي-‌ غرب-‌ ايران»؛ در دمشق، سوريه، اسفند ماه 1377 شمسي. اين سمينار بين‌المللي توسط رايزني فرهنگي ايران با همكاري سوريه و رايزني‌هاي فرهنگي آلمان، فرانسه و اسپانيا برگزار شد. اين مقاله در مجموعه مقالات «الاسلام و الفكر السياسي: الديمو قراطيه-‌ الغرب-‌ ايران. ناشر: المركز الثقافي العربي-‌ المغرب؛ 2000 ميلادي» چاپ شده است.
أساليب الرقابه و المسووليه في دستور الجمهوريه الاسلاميه الايرانيه؛ ارايه شده به سمينار بين‌المللي: «قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران» در دمشق، اسفند ماه 1378 شمسي. برگزار كننده: سفارت جمهوري اسلامي ايران در سوريه، چاپ شده در مجموعه مقالات همايش.
جايگاه قانون در سلسله علل و عوامل تقدم مصالح جمعي بر منافع فردي؛ ارايه شده به همايش: «بررسي علل و عوامل تقدم مصالح جمعي بر منافع فردي»، دانشگاه تربيت معلم، تهران 1378. چاپ شده در مجموعه مقالات همايش 1379.
دانشگاه اسلامي و مطلوب از نظر امام خميني(ره)، ارايه شده به سمينار: «دانشگاه، جامعه و فرهنگ اسلامي»؛ دانشگاه تربيت مدرس، تهران هفتم و هشتم آذر 1378. چاپ شده در مجموعه مقالات سمينار، جلد دوم.
لزوم تمسك به شرع از نظر شيخ اشراق. ارايه شده در همايش: «عرفان، اسلام، ايران و انسان معاصر: نكوداشت شيخ شهاب‌الدين سهروردي، 1383 دانشگاه تهران، چاپ شده در مجموعه مقالات همايش، به اهتمام دكتر شهرام پازوكي، 1385.

فعاليت‌هاي آموزشي:
- راهنمايي رسالات مقطع دكتري: بيش از 30 پايان‌نامه
- راهنمايي رسالات مقطع كارشناسي ارشد: بيش از 60 پايان‌نامه.
- مشاوره و داوري چندين پايان‌نامه دكتري و كارشناسي ارشد.

عضويت در انجمن‌ها:
- عضو انجمن فلسفه ايران
- عضو انجمن عرفان اسلامي ايران
- عضو انجمن ايراني اخلاق در علم و فناوري
- عضو انجمن توسعه مديريت ايران
***
"رسائل الشجره الالهيه في علوم الحقائق الربانيه" تاليف شمس‌الدين محمد شهرزوري؛ تصحيح نجفقلي حبيبي-‌ تهران: موسسه پژوهش حكمت و فلسفه ايران. 656 صفحه. 
***
درپي برگزيده شدن كتاب «رسائل الشجره الالهيه في علوم الحقائق الرباينه» به عنوان كتاب سال جمهوري اسلامي در سال 1386 گفت‌وگويي با دكتر نجفقلي حبيبي انجام داده‌ايم كه مي‌خوانيد.
-‌ موضوع كتاب‌هايتان بيشتر بر چه محورهايي است؟
تقريبا تمام كتاب‌هاي تصحيح شده در حوزه فلسفه و نوعي عرفان اسلامي است. بعضي از آثار سهروردي و آثار ملاهادي سبزواري، شهرزوري، قاضي سعيد قمي، ملاصدرا، قونوي و ابن عربي را تصحيح كرده‌ام.
-‌ موضوع كتاب شما چيست؟
اين كتاب در حقيقت يك دوره كامل فلسفه اسلامي و شامل 5 رساله است كه عبارتند از: 1-‌ تقسيمات علوم و ارزش و تاريخ حكمت، 2-‌ منطق استدلالي، 3-‌ حكمت عملي، 4-‌ دوره كامل طبيعيات فلسفه اسلامي 5-‌ يك دوره الهيات.
-‌ اين دوره كامل فلسفه اسلامي با كتاب «بدايه الحكمه يا كتاب نهايه الحكمه» كه هر دو يك دور كامل فلسفه اسلامي‌اند، چه تفاوت‌هايي دارد؟
كتاب‌هاي «بدايه و نهايه» رنگ و بويي از فلسفه ملاصدرا دارد و برگرفته از حكمت متعاليه اوست اما اين كتاب يعني «رسايل الشجره الالهيه في علوم الحائق الربانيه» در زمان قبل از ملاصدرا نگاشته شده و بنا بر اين از فلسفه ملاصدرا و نظام فكري او متاثر نيست و از لحاظ نظام فكري، پيرو سهروردي است. مشائي هم هست اما اشراق در آن بيشتر ديده مي‌شود.
-‌ مباحث فلسفي كدام يك از اين كتاب ها يعني «بدايه» و كتابي كه شما تصحيح آن را به عهده داشته‌ايد، كامل‌تر و جامع‌تر است؟
البته كتابي كه من تصحيح كرده‌ام به دليل اين كه قبل از زمان ملاصدرا بوده، نوآوري‌هاي صدر المتالهين در آن نيست، اما يكي از منابع مهمي است كه ملاصدرا در بيان نظرياتش از آن استفاده كرده است.
-‌ انگيزه شما براي انجام تصحيح كتاب هاي خطي چه بود؟
براي نوشتن رساله دكتري خود در باب آراء خاص سهروردي، لازم شد كه بيشتر به آثار شيخ اشراق توجه كنم. در پي اين جست‌وجو، يكي دو تا از رسايل خطي او كه هنوز چاپ نشده بود به دستم رسيد و به فكر افتادم تا آن دو رساله را تصحيح كنم كه در سال 1356 به چاپ رسيد. بعد از آن، كتاب «سه رساله از شيخ اشراق» را انجام دادم كه در سال 1357 چاپ شد. از آن به بعد شوقي در وجودم براي تصحيح آثار خطي به وجود آمد. به تدريج و به خصوص بعد از تصحيح آثار «ملا هادي سبزواري اين اشتياق در من بيشتر شد. با تشويق دوستان و استادان حوزه و دانشگاه به تصحيح شرح الاسماء و شرح دعاي جوشن كبير و آثار قاضي سعيد در باب احاديث اصول عقايد و بيشتر، مساله توحيد در آن پرداختم.
-‌ تاثير كتاب‌هايتان برمخاطب را چگونه ارزيابي مي‌كنيد؟
همه تاثيرگذار بوده‌اند. كتاب «الرسائل الشجره الالهيه في علوم الحائق الربانيه» در كشورهاي اروپايي جاي خود را باز كرد و بسيار مورد استقبال قرار گرفت. كتاب «الهيات شفاي ملاصدرا» كه حاشيه‌اي بر كتاب «شفاي ابن سينا» است را تصحيح كردم و به چاپ رسيد. اين اثر در سال 1383 برنده كتاب سال شد كه گاهي به عنوان منبعي مهم مورد استفاده محققان قرار مي‌گيرد. كتاب «سه رساله شيخ اشراق» نيز در معرض داوري دانشمندان جهان قرار گرفت. كتاب «شرح الاسماء ملاهادي سبزواري» كه شامل مباحث عرفاني است و كتاب دوره حكمت ملاصدرا و كتاب حاجي سعيد قمي، همه، مرجع و منبعي براي رساله‌هاي دكترا و كارشناسي ارشد و مقالات بسياري‌اند كه دانشجويان انجام داده‌اند و به نظر مي‌آيد راه‌گشاي علمي خوبي بوده‌اند. كتاب مفاتيح الجنان نيز در كتاب فصل مورد تقدير قرار گرفت.
-‌ مطالعات جانبي شما در چه موضوعاتي است؟
تايخ فلسفه غرب، حكمت علمي، سياست-‌ اخلاق ناصري-‌ امور اجتماعي، سياسي و فرهنگي
-‌ ويژگي سهروردي نسب به ساير فلاسفه چيست كه شما بيشتر به آثار وي پرداخته‌ايد؟
فلسفه در ايران فلسفه مشاء بود كه با ارسطو و ابن سينا جا افتاده بود. يكي از ويژگي‌هاي سهروردي اين بود كه به نوعي سنت شكني و ديدگاه ديگري را در فلسفه عرضه كرد. ويژگي ديگر سهروردي اين بود كه در درون فلسفه اشراقي خود فلسفه ايراني را جاي داد. توجه او به آيين زرتشت و تلفيق آن با فلسفه اسلامي و نيز پرداختن و توجه به حكمت يوناني، هندي، ايراني، بابلي و ديني و همه انبياء عليهم‌السلام فلسفه او را از سايرين متمايز مي‌كند. البته در دوران بعد، ملاصدرا اين فلسفه را بدون توجه به آيين‌هاي ايراني كامل كرد. از ويژگي‌هاي برجسته سهروردي استفاده بسيار زياد او از آيات قرآن مجيد است. وي در كتاب «الالواح العماريه» براي هر بحث فلسفي 2 آيه را سند مي‌آورد.
قبل از انقلاب در پاسخ به بعضي‌ها كه معتقد بودند سهروردي پيرو زرتشت است، مقاله‌اي با عنوان «آيات قرآني در توصيه فلسفي سهروردي» در كنگره تحقيقات ايران شناسي نوشتم. شيخ شهاب‌الدين سهروردي به اشراق به جاي استدلال عقلي و به اتصال نفس انساني، به عالم بالا و شهود حقايق پرداخته است.
-‌ چند ساعت در روز به مطالعه مي‌پردازيد؟
در طول روز بيشتر به كارهاي اجرايي و آموزشي و پژوهشي مي‌پردازم و تصحيح را از ساعت 3 تا 5 صبح انجام مي‌دهم.