بی‌توجهی جدی نهادهای دانشگاهی به این پژوهش‌ها؛ نگاه صلب و اعتقادی به این مقولات از جانب نهادهای شبه علمی سنتی و فقدان برنامه‌های جامع و تعریف شده از سوی نهادهای فرهنگی و علمی؛ فقدان جسارت پاره زیادی از پژوهشگران این حوزه و کم سوادی تعداد زیادی دیگر که از دانشگاه و مطالعات آکادمیک بهره چندانی ندارند و یا اساسا بدون بهره هستند از دیگر چالش‌های مطالعات اجتماعی تشیع است.
