وي كه در سال 1325 به استخدام وزارت كشاورزي درآمده بود، ابتدا در قسمت‌هاي دفتر فني سازمان جنگل‌باني و اداره آموزش مشغول انجام وظيفه شد ولي بعد، به خاطر علاقه خاصي كه به رشته گياه‌شناسي داشت در سال 1345 با پيوستن به استاد خويش دكتر اسفندياري و دوست قديمي‌اش، مهندس بهبودي در بخش تحقيقات گياه‌شناسي، وارد موسسه تحقيقات آفات و بيماري‌هاي گياهي شد و مدتي بعد مديريت بخش «هرباريوم» را برعهده گرفت.
دكتر ايرانشهر هيچگاه از تلاش خود در راه پيشرفت گياه‌شناسي كشور و تكميل «هرباريوم» ايران باز نايستاد، وي با پيمودن بيش از 60000 كيلومتر راه در شهرها، روستاها، كويرها، كوه‌ها و دشت‌هاي ايران زمين و به همراهي افرادي چون رشينگر، آلاوا، ريدل، رنس، لاموند، ارشاد، ترمه، موسوي و...، نزديك به 500 روز از عمر تحقيقاتي خود را در راه دستيابي و گردآوري گياهان كشور سپري كرد و نمونه‌هاي گياهي بي‌شماري را از طبيعت كشورمان براي غني ساختن «هرباريوم ايران» به ارمغان آورد. گونه‌هاي زيادي از گياهان كشور به افتخار او نام‌گذاري و توصيف شده است، گرچه وي مولف حدود 37 تاكسون جديد در جهان گياه‌شناسي است.
دكتر ايرانشهر كه تاكنون 22 فقره آثار علمي خود را در زمينه گياه‌شناسي منتشر كرده است، ضمن همكاري با ديگر «هرباريوم‌هاي» كشور، كماكان به تحقيقات خود در امر شناسايي گياهان و «هرباريوم» ايران ادامه داده و در خارج از كشور نيز از همكاران نزديك پروفسور رشينگر اتريشي، سردبير مجموعه «فلور ايرانيكا»ست و اولين گياه‌شناس ايراني است كه در اين منبع برجسته، آثارش به چاپ رسيده است. 
دكتر موسي ايرانشهر كه مدت‌ها مديريت «هرباريوم» ايران را داشت، به خاطر علاقه مفرط به تحقيق، كمتر فرصت پرداختن به تصدي پست‌هاي مهم اداري را پيدا كرد ولي در عين حال هيچگاه از آموزش و هدايت پويندگان رشته گياه‌شناسي در ايران غافل نماند. 
***
آشنايي با زبان لاتيني و كاربرد گياه‌شناسي آن تاليف موسي ايرانشهر- تهران: موسسه انتشارات و چاپ دانشگاه تهران 1385. 253 صفحه

درپي برگزيده شدن كتاب «آشنايي با زبانلاتيني و كاربرد گياه شناسي آن» به عنوان كتاب سال جمهوري اسلامي در سال 1386، با دكتر موسي ايرانشهر گفت‌وگويي انجام داده‌ايم كه مي‌خوانيد. 

-‌ درباره تاليف كتابتان با عنوان «آشنايي با زبان لاتيني Lanyna Latina و كاربرد گياه‌شناسي آن» توضيح دهيد.
من گياه‌شناسم. چون در علم گياه‌شناسي همه اسامي علمي و شرح گياهان به زبان لاتيني است، ناچار بايد اين زبان را ياد مي‌گرفتم. وقتي دانشگاه تهران براي تدريس و دوره دكترا از من دعوت كرد، نياز دانشجويان براي يادگيري، مرا ملزم به تهيه اين كتاب كرد. دانستن گرامر زبان لاتين با گياه‌شناسي رابطه مستقيم دارد. معمولا همه فكر مي‌كنند كه زبان لاتين همان زبان انگليسي يا فرانسه است در حالي كه در روم قديم منطقه‌اي بود به نام لاتين و اين زبان آن‌هاست كه از قرون گذشته وجود داشته است. 

-‌ روي چه عناوين و موضوعاتي بيشتر كار كرده‌ايد؟
بيشتر روي گياه شناسي كار كرده‌ام، با يك مجموعه«فلور ايرانيكا» همكاري كرده‌ام كه مجموعه گياهان دست يافتني ايران است و تا به حال چندين جلد از اين مجموعه چاپ شده. اين كار را پروفسور Reshinge در سال 1963 شروع كرد و من چندين بار با او همكاري كردم. 

-‌ نگارش اين كتاب تا زمان چاپ آن چقدر طول كشيده است؟
اين كتاب حاصل چندين سال تدريس در جاهاي مختلف و انستيتوي گياه پزشكي و يادداشت‌هاي چندين سال تحقيق و پژوهش است. 

-‌ مطالعات جانبي شما از چه موضوعاتي تشكيل شده است؟
كارم گياه‌شناسي است. شعر و فلسفه را دوست دارم اما به دليل انبوه كار به خواندن آن‌ها نمي‌رسم. 

-‌ وضعيت گياهان دارويي در ايران چگونه است؟
كار من بيشتر كار پايه‌اي است و به اين نوع كارها نمي‌پردازم، فعاليتي كه بر روي گياهان دارويي انجام مي‌شود كار به روز است. 

-‌ منظور از كار پايه‌اي چيست؟
شناخت گياهان، صرف نظر از موارد مصرف آن‌ها، اين كه زينتي‌اند يا دارويي يا... 

-‌ تنوع گونه‌هاي گياهي در ايران چگونه است؟
بسيار زياد؛ بين 8 تا 10 هزار گونه در ايران وجود دارد كه معادل همه گونه‌ها در اروپاست. 

-‌ چقدر از اين گونه‌ها را مي‌توان صادر كرد؟
اگر روي بعضي از انواع آن كار شود، شايد بتوان آن‌ها را صادر هم كرد. اما بسياري از گياهان ويژه آب و هواي ايران هستند و در جاي ديگر منقرض مي‌شوند و از بين مي‌روند. 

-‌ چند سال است كه مشغول تحقيق درباره گياهان هستيد؟
60 سال. 

-‌ چند ساعت در روز مطالعه مي‌كنيد؟
كارم بيشتر نوشتن و تحقيق است. دائما روي گياهان مطالعه دارم. 

-‌ شبيه به آنچه شما انجام داده‌ايد، در ساير كشورهاي جهان هم انجام شده است؟
علم در همه جاي دنيا علم است، نمي‌شود گفت كه ما جلوتريم يا نه. همه دانشمندان علوم مختلف متعلق به همه دنيا هستند، مثلا ابن سينا صرف نظر از اين كه ايراني است اما دانشمند است و علم او متعلق به همه جهان است يا همين‌طور انيشتين.